STANDARD V14.4 • ROUTAGE O(1) Architecture relationnelle 24 pôles & 17 Index-Experts™ synchronisés avec la taxonomie NCBI 2026, EBI SIFTS 3D et cFMD/FMBN.
TYRODEXIA™ & NCBI 2026
Grand dictionnaire du microbiome des fromages
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Palier 1 • Identité NCBI 🦠 NCBI TAXID #1423732 • STRAIN • Bacteria 🔎 Certificat NCBI #1423732
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Lacticaseibacillus casei DSM 20011 = JCM 1134 = ATCC 393 "Bacillus a" von Freudenreich 1890

⚡ 7 pôle(s) d'Index-Experts™ actifs (routage O(1))  •  🧀 7 matrice(s) fromagère(s) reliée(s)  •  🧊 25 structure(s) 3D RCSB PDB / EBI SIFTS

🌳 Filiation phylogénétique & Matrices fromagères associées

Palier 2 • Fromager & Sommelier
Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Lactobacillaceae (family) › Lacticaseibacillus (genus)
🧀 Fromages, matrices laitières et appellations reliés (7) :
🧀 Asiago 🧀 Caciocavallo 🧀 Grana Padano 🧀 Grana Padano 🧀 Parmigiano Reggiano 🧀 Provolone 🧀 Provolone del monaco
INDEX-EXPERT™ #00 • Socle fromager Tyrodexia™ Palier 1

Index maître des ferments fromagers et affineurs

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Matrices fromagères & substrats associés Grana Padano [en:grana-padano], Asiago [en:asiago], Provolone [en:provolone], Parmigiano Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Provolone del monaco [it:provolone-del-monaco], Caciocavallo [en:caciocavallo]
Typologie de pâte & preuves technologiques Production de composés volatils soufrés et cétoniques au cours de la maturation Riserva ; Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (22 éch.) • Bacteria • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Lactobacillaceae (family) › Lacticaseibacillus (genus)
Métabolites secondaires & collections de référence GCA_000829055.1
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1423732 • Tyrodexia Microbiota Authority (ref_liens_fromages_microbiote.csv) • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
EST %, G/S % des matrices fromagères Taille: 2.95296 Mb • GC: 47.8636 % • "Bacillus a" von Freudenreich 1890
Bactériophages prédateurs & littérature PubMed Phages: Lacticaseibacillus phage C3.1, Lacticaseibacillus phage C4.1, Lacticaseibacillus phage R3.3, Lacticaseibacillus phage R9.1, Lacticaseibacillus phage R9.2, Lactobacillus phage A2 • PMID:32293557 🔎 • DOI:10.1099/ijsem.0.004107 🔎
INDEX-EXPERT™ #01 • Architecture Tyrodexia™ Palier 5

Synonymies et anciens noms (NCBI)

🔎 Preuve SQLite
Concordance de nomenclature (NCBI) Lacticaseibacillus casei DSM 20011 = JCM 1134 = ATCC 393 ⟷ Lactobacillus casei DSM 20011 = JCM 1134 = ATCC 393 • Lactobacillus casei DSM 20011 • Lactobacillus casei JCM 1134 = DSM 20011 • Lactobacillus casei JCM 1134 • Lactobacillus [casei subsp. casei] ATCC 393 • Lactobacillus casei subsp. casei ATCC 393
Synonymes & basionymes historiques Bacteria
Autorité taxonomique & souches de référence "Bacillus a" von Freudenreich 1890
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1423732 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Filiation & justification phylogénomique Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Lactobacillaceae (family) › Lacticaseibacillus (genus)
Références taxonomiques PubMed PMID:32293557 🔎 • DOI:10.1099/ijsem.0.004107 🔎
INDEX-EXPERT™ #04 • Architecture Tyrodexia™ Palier 1

Familles de fromages et technologies

🔎 Preuve SQLite
Famille technologique & appellations associées Fromages italiens ; Provolone ; Fromages de vache ; Desserts lactés fermentés aromatisés ; Yaourts • Asiago [en:asiago], Grana Padano [en:grana-padano], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Provolone del monaco [it:provolone-del-monaco], Provolone [en:provolone], Caciocavallo [en:caciocavallo]
Diagramme de pâte, croûte & fonction technologique Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (22 éch.) ; Production de composés volatils soufrés et cétoniques au cours de la maturation Riserva • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Lactobacillaceae (family) › Lacticaseibacillus (genus)
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1423732 • Le grand dictionnaire du microbiome des fromages (https://www.tyrodexia.com/index.html#ouvrage)
Extrait sec (EST %) & Gras sur sec (G/S %) des matrices Asiago (EST 33.2 %, G/S 18.07 %) ; Grana Padano (EST 33.2 %, G/S 18.07 %) ; Parmigiano Reggiano (EST 77.4 %, G/S 35.92 %) ; Provolone del monaco (EST 59.0 %, G/S 45.08 %) • Bacteria
Fromages emblématiques (AOP / Caseus) & études PubMed Asiago (Appellation d'origine protégée) ; Grana Padano (Appellation d'origine protégée) ; Parmigiano Reggiano (Appellation d'origine protégée) ; Provolone del monaco (Appellation d'origine protégée) • PMID:32293557 🔎 • DOI:10.1099/ijsem.0.004107 🔎
INDEX-EXPERT™ #05 • Architecture Tyrodexia™ Palier 3

Marqueurs technologiques (pH et gaz)

🔎 Preuve SQLite
Substrats glucidiques, lactose résiduel (USDA) & métabolites Protein : 7.96 g ; Ash : 1.63 g ; Lactose : 1.91 g ; Fiber, total dietary : 1.4 g • Asiago [en:asiago], Grana Padano [en:grana-padano], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Provolone del monaco [it:provolone-del-monaco], Provolone [en:provolone], Caciocavallo [en:caciocavallo]
Rôle métabolique & composés caractérisés Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (22 éch.) ; Production de composés volatils soufrés et cétoniques au cours de la maturation Riserva • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Lactobacillaceae (family) › Lacticaseibacillus (genus)
Égouttage, humidité, salage (USDA) & matrices reliées Asiago (EST 33.2 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Grana Padano (EST 33.2 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Parmigiano Reggiano (EST 77.4 %, NaCl 4.57 g/100g) ; Provolone del monaco (EST 59.0 %, NaCl 1.85 g/100g) • Asiago [en:asiago], Grana Padano [en:grana-padano], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Provolone del monaco [it:provolone-del-monaco], Provolone [en:provolone], Caciocavallo [en:caciocavallo]
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1423732 • Atlas de l'ingénierie fromagère et de la thermodynamique d'affinage (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Surveillance phagique en cuve & références PubMed Phages: Lacticaseibacillus phage C3.1 (TaxID:2996046), Lacticaseibacillus phage C4.1 (TaxID:3016938), Lacticaseibacillus phage R3.3 (TaxID:3016942), Lacticaseibacillus phage R9.1 (TaxID:3016943), Lacticaseibacillus phage R9.2 (TaxID:3017311) • PMID:32293557 🔎 • DOI:10.1099/ijsem.0.004107 🔎
INDEX-EXPERT™ #08 • Architecture Tyrodexia™ Palier 4

Pathogènes et bioprotection

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Bactériocines (NPClassifier) & cibles sanitaires Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (22 éch.) ; Production de composés volatils soufrés et cétoniques au cours de la maturation Riserva • Bacteria
Substrats d'isolement & matrices fromagères reliées Asiago [en:asiago], Grana Padano [en:grana-padano], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Provolone del monaco [it:provolone-del-monaco], Provolone [en:provolone], Caciocavallo [en:caciocavallo] • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Lactobacillaceae (family) › Lacticaseibacillus (genus)
Barrières physico-chimiques (EST, humidité, NaCl USDA) Asiago (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Grana Padano (EST 33.2 %, MNA 71.06 %, NaCl 0.94 g/100g) ; Parmigiano Reggiano (EST 77.4 %, MNA 31.3 %, NaCl 4.57 g/100g) ; Provolone del monaco (EST 59.0 %, MNA 55.86 %, NaCl 1.85 g/100g) • "Bacillus a" von Freudenreich 1890 • Lactobacillus casei DSM 20011 = JCM 1134 = ATCC 393 • Lactobacillus casei DSM 20011 • Lactobacillus casei JCM 1134 = DSM 20011 • Lactobacillus casei JCM 1134 • Lactobacillus [casei subsp. casei] ATCC 393 • Lactobacillus casei subsp. casei ATCC 393
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1423732 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Prophylaxie & références PubMed PMID:32293557 🔎 • DOI:10.1099/ijsem.0.004107 🔎
INDEX-EXPERT™ #11 • Architecture Tyrodexia™ Palier 5

Volatilome et profils aromatiques

🔎 Preuve SQLite
Composés aromatiques ponts (FlavorGraph) & volatils trimethylamine ; salicylic acid ; propionic acid ; phenylacetaldehyde ; phenol ; oleic acid ; octanoic acid ; methanethiol • Asiago [en:asiago], Grana Padano [en:grana-padano], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Provolone del monaco [it:provolone-del-monaco], Provolone [en:provolone], Caciocavallo [en:caciocavallo]
Précurseurs lipidiques & aminés d'arômes (USDA) Cholestérol : 30 mg ; Fatty acids, total saturated : 2.82 g ; Fatty acids, total monounsaturated : 1.92 g ; MUFA 18:1 : 1.78 g ; Glutamic acid : 2.21 g ; Proline : 1.6 g ; Leucine : 0.784 g • Microbiote fromager caractérisé (2 éch.) ; Microbiote fromager caractérisé (22 éch.) ; Production de composés volatils soufrés et cétoniques au cours de la maturation Riserva • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Lactobacillaceae (family) › Lacticaseibacillus (genus)
Accords gastronomiques & affinités sensorielles Speck ; Head Broccoli ; Genoa Salami ; Fusilli ; Focaccia Bread ; Artichoke Heart ; Baby Portabella Mushroom ; Salami
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1423732 • Le référentiel du volatilome fromager et de la chémo-sensorialité (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)
Cinétique aromatique & études PubMed PMID:32293557 🔎 • DOI:10.1099/ijsem.0.004107 🔎
INDEX-EXPERT™ #14 • Science du lait & santé Tyrodexia™ Palier 4

Peptidome bioactif, santé fonctionnelle et vigilance clinique

🔎 Preuve SQLite
Vitamines cardioprotectrices (USDA) & bioactifs Vitamin A, IU : 496 IU ; Retinol : 40 µg ; Vitamin A, RAE : 58 µg ; Carotene, beta : 218 µg ; Carotene, alpha : 0 µg ; Cryptoxanthin, beta : 0 µg
Acides aminés fonctionnels (GABA, Proline USDA) Glutamic acid : 2.21 g ; Proline : 1.6 g ; Leucine : 0.784 g ; Aspartic acid : 0.666 g ; Lysine : 0.598 g ; Serine : 0.46 g • Bacillota (phylum) › Bacilli (class) › Lactobacillales (order) › Lactobacillaceae (family) › Lacticaseibacillus (genus)
Acides gras bioactifs (ALC, Oméga-3) & minéraux Cholestérol : 30 mg ; Fatty acids, total saturated : 2.82 g ; Fatty acids, total monounsaturated : 1.92 g ; MUFA 18:1 : 1.78 g ; Iron, Fe : 0.52 mg ; Magnesium, Mg : 21 mg ; Phosphorus, P : 126 mg ; Sodium, Na : 371 mg • Asiago [en:asiago], Grana Padano [en:grana-padano], Parmigiano Reggiano / Parmigiano-Reggiano [en:parmigiano-reggiano], Provolone del monaco [it:provolone-del-monaco], Provolone [en:provolone], Caciocavallo [en:caciocavallo]
Extinction réelle du lactose & sucres (USDA) Fiber, total dietary : 1.4 g ; Total lipid (fat) : 6 g ; Carbohydrate, by difference : 17.6 g ; Énergie : 156 kcal ; Glucose : 1.18 g
Collections de référence, autorité & synonymes "Bacillus a" von Freudenreich 1890 • Lactobacillus casei DSM 20011 = JCM 1134 = ATCC 393 • Lactobacillus casei DSM 20011 • Lactobacillus casei JCM 1134 = DSM 20011 • Lactobacillus casei JCM 1134 • Lactobacillus [casei subsp. casei] ATCC 393 • Lactobacillus casei subsp. casei ATCC 393
Littérature scientifique PubMed PMID:32293557 🔎 • DOI:10.1099/ijsem.0.004107 🔎
Sources officielles & ouvrage de référence TaxID:1423732 • Le manuel clinique des pathologies laitières et fromagères (https://www.tyrodexia.com/index.html#collection)

🏛️ Collections mondiales (DSM / ATCC / CBS), Synonymies NCBI, Souches & Races FAO DAD-IS

Palier 4 • Institutionnel & Microbiologiste
Synonymes & Basionymes NCBI Lactobacillus casei DSM 20011 = JCM 1134 = ATCC 393 • Lactobacillus casei DSM 20011 • Lactobacillus casei JCM 1134 = DSM 20011 • Lactobacillus casei JCM 1134 • Lactobacillus [casei subsp. casei] ATCC 393 • Lactobacillus casei subsp. casei ATCC 393

🧬 Génomique RefSeq, Biologie Structurale 3D (EBI SIFTS), Métagénomique (cFMD/FMBN) & PubMed

Palier 5 • Expert Absolu
Structures 3D EBI SIFTS / RCSB PDB PDB #1AO8 (25 structures cristallographiques • CIF) — RCSB PDB 3D ↗
Assemblage Génomique NCBI RefSeq RefSeq: GCA_000829055.1 • Taille: 2.95296 Mb • GC: 47.8636 % • Statut: Complete Genome • BioSample: SAMD00015724 • BioProject: PRJDB638
Littérature primaire PubMed / DOI PMID:32293557 🔎 • DOI:10.1099/ijsem.0.004107 🔎